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Ciencia e investigación agraria

On-line version ISSN 0718-1620

Abstract

CACERES, Pablo et al. Protocolos para la extracción eficiente de ADN microbiano a partir de la rizosfera del bosque hidrófilo en Chile. Cienc. Inv. Agr. [online]. 2012, vol.39, n.3, pp.585-592. ISSN 0718-1620.  http://dx.doi.org/10.4067/S0718-16202012000300018.

Se evaluó el uso de Buffer de lisis (Protocolo BA), Buffer de lisis modificado (Protocolo BA Mod) y el uso de kit comercial de extracción (Protocolo PS Kit) (Power Soil, Mo bio Laboratories, CA USA) y su efectividad para producir ADN de calidad biológica con rendimientos que permitan su uso en estudios de biodiversidad. De igual forma, se evaluó el efecto del nitrógeno líquido en el proceso de ruptura celular en todos los protocolos estudiados. Se obtuvieron rendimientos de ADN desde 12,4 hasta 9620 ng g-1 de suelo procesado utilizando los métodos basados en el buffer de lisis modificado y kit de extracción comercial. La calidad biológica del ADN se determinó mediante la habilidad del ADN para producir eficientes y reproducibles Reacciones en Cadena de la Polimerasa utilizando partidores del ADN ribosomal 16 S y 18 S de bacterias y hongos, respectivamente. Se obtuvo ADN de calidad biológica para PCR en todos los protocolos, pero la eficiencia del método dependió de la dilución del ADN previo al desarrollo de las PCRs. Los tres métodos de extracción generaron productos de PCR por encima del 90% de las muestras analizadas. Se observó que el factor de dilución del ADN afecta la eficiencia de la técnica de PCR en los tres protocolos evaluados pues para la extracción con Kit comercial, la mayor eficiencia en el PCR se obtuvo cuando la dilución 10-1 fue utilizada. El método basado en el buffer de lisis produjo la mayor eficiencia (90%) utilizando la dilución 10-2. Por otro lado, el protocolo buffer de lisis modificado generó la más alta eficiencia utilizando la dilución 10-3 con un 95% de eficiencia. Los métodos evaluados permiten, por primera vez, la obtención eficiente y confiable de ADN de alta calidad a partir la rizósfera del bosque hidrófilo chileno.

Keywords : bosques húmedos; 16 S ribosomal; extracción ADN de suelo; PCR; rizósfera.

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